一）办公室
协助领导组织机关日常工作，对科室进行协调，组织准备重要会议及文件；负责文秘、信息、档案、保密、宣传、督导及机关规章制度建设；负责人事、劳动工资、科教管理；协助领导做好政工、党群、党务、统战、纪检、监察、信访、提案工作；负责水利行业财务会计管理、统计、审计，对水利建设资金进行财务监督，对水利系统的国有固定资产进行清产核资和监督管理，主管局属事业单位的财务和固定资产管理工作；负责机关内保、卫生、绿化、后勤服务工作；协做区防汛防旱指挥部办公室日常工作。
（二）水利工程科
组织制定水利发展规划和年度计划，负责水利基建项目和重点补助项目的可行性研究报告的立项审报、设计审核和工作验收；负责对水利工程的质量监督工作；制订小（一）型及以上水库，三大水系的控运计划；协调全区标准海塘保险；负责水利科技及其推广、应用、情报工作；组织技术业务培训；协助区防汛防旱指挥部办公室搞好汛期水利工程设施安全检查并提出保安技术措施和重要水库、河网水量调度工作。
（三）水政水资源科
主管水利行业的政策法规研究，负责对区域内水资源的统一管理和保护工作；实施水行政执法和行政复议，协调处理水事纠纷；组织实施取水许可制度和水资源费及有关规费的征收管理工作；主管计划用水、节约用水、用水调度、城镇供水水源规划工作；制订水资源保护计划；会同有关部门制订水长期供求计划；组织水政监督培训；协助做好区防汛防旱指挥部办公室有关河道管理、清障等工作。
（四）三防办公室
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